明治学院には複数のチャペルとオルガンがあり、学生・生徒が日々の礼拝等で親しんでいます。
明治学院礼拝堂(チャペル)と大オルガン[白金校地]

高校礼拝、大学チャペルアワーが行われるほか、入学式や卒業式の会場としても使用されています。建築の詳細は歴史的建造物の紹介ページをご参照ください。
現在のパイプオルガンは2代目で、オランダのオルガンビルダーであるヘンク・ファン=エーケン氏の製作により2009年10月に設置されました。
現在のパイプオルガンは2代目で、オランダのオルガンビルダーであるヘンク・ファン=エーケン氏の製作により2009年10月に設置されました。
小チャペルとコンティヌオオルガン(明治学院記念館内)[白金校地]

小規模の礼拝やキリスト教関係行事などが開催されます。
ファン=エーケン氏が製作した小型パイプオルガン(コンティヌオオルガン)が設置されています。
ファン=エーケン氏が製作した小型パイプオルガン(コンティヌオオルガン)が設置されています。
リードオルガン(明治学院記念館内)[白金校地]
1912年米国メーソン&ハムリン社製の大型リードオルガンで、1914年にアメリカの教会信徒からの献金により寄贈されました。寄贈されて間もなく、設置されていたサンダム館が火災に見舞われますが、教員と学生が必死になって2階から運び出したという逸話が残っています。1916年に現在の礼拝堂が完成してからは、そこで長い間礼拝の奏楽に使われました。その後記念館内に設置場所を移され、2014年に港区指定有形文化財に指定、2019年の大規模な修復を経て、今に至ります。
現在は学生向けのオルガンに関する授業や講座等で使用されるほか、歴史的建造物公開の際に演奏会を開催しています。
現在は学生向けのオルガンに関する授業や講座等で使用されるほか、歴史的建造物公開の際に演奏会を開催しています。

大学横浜チャペルとパイプオルガン[横浜校地]

日々のチャペルアワーが行われるほか、国際学部と情報数理学部の入学式や卒業式の会場としても使用されています。
「シンプルさと清らかさ」をテーマに設計され、東面のステンドグラスは、「水と風」がテーマになっています。
「シンプルさと清らかさ」をテーマに設計され、東面のステンドグラスは、「水と風」がテーマになっています。
パイプオルガンはオランダのフレントロープ社製で、1987年6月に設置。12の音色のストップと781本のパイプからなっています。

明治学院高等学校 礼拝ホール[白金校地]
2022年7月に竣工した新校舎にあるホール。高等学校の生徒は礼拝堂(チャペル)で日々の礼拝を行いますが、こちらの礼拝ホールを使用することもあります。ピアノや電子オルガンも設置されています。

明治学院中学校・東村山高等学校 チャペル[東村山校地]

高校生は、毎日の礼拝のためにこの場所に集います。入学式や卒業式、学校説明会の会場としても用いられ、クリスマスの時期には近隣の方々をお招きする「クリスマスの集い」が行われます。